2010年12月3日，宁夏回族自治区机构编制委员会批准宁夏哈巴湖国家级自然保护区管理局机构设置。管理局内设办公室、纪检监察室、计财科、资源保护科、科学技术与宣传教育科、防火科、生产科7个职能科室，下设高沙窝、柳杨堡、骆驼井、哈巴湖、二道湖、城南6个管理站，堡子台、东门2个分场。